재일학도의용군 전몰용사 위령비는 장병 묘역의 16번 묘역(재일학도의용군 묘역) 앞쪽에 설치되어 있다. 1963년 11월 21일 일본 도쿄 다이교지(大行寺)에 안치되어 있던 50위를 국립서울현충원에 안장한 후 재일본 대한민국 거류민단에서 재일학도의용군의 고귀한 희생을 추모하고 그들의 넋을 추념하고자 1973년 6월 6일 건립하였다. 이후 1990년 12월 15일 개축하였다가 2009년 5월 15일 112㎡의 면적에 높이 170cm, 폭 250cm 규모로 재보수 건립되었다. (기존의 위령비는 재일학도의용군동지회에서 보존)

비의 뒷면에는 이곳에 안장된 재일학도의용군 50위와 장교 2위(17번 묘역 박두원 공군 대위, 15번 묘역 정달문 육군 중위), 위패봉안관에 봉안된 90위의 명단이 새겨져 있다. 앞면에는 아래와 같은 헌시가 새겨져 있다.

내나라 구하려고 피를 뿌리신 젊은이들
역사의 책장 위에 꽃수를 놓으셨네
조국의 포근한 흙속에 웃으며 잠드옵소서